Các phương pháp khử trùng và làm sạch của máy rửa mũi bao gồm sử dụng nước tinh khiết hoặc nước đun sôi để vệ sinh, sử dụng nước muối sinh lý để khử trùng và khử trùng và sử dụng cồn để khử trùng.
Sử dụng nước tinh khiết hoặc nước đun sôi để vệ sinh: Nước tinh khiết không chứa bất kỳ tạp chất nào, có thể hạn chế tối đa chất bẩn còn sót lại trong quá trình rửa mũi và không gây hư hại cho quá trình rửa mũi. Nếu nhà không có nước tinh khiết, cũng có thể sử dụng nước máy đun sôi. Đun sôi nước máy và đợi nguội trước khi vệ sinh. Trong quá trình làm sạch, máy rửa mũi có thể được tháo rời và ngâm từng bộ phận trong nước sạch, chải nhẹ bằng bàn chải lông mềm, sau đó rửa sạch bằng nước sạch.
Dùng nước muối sinh lý để sát trùng, diệt khuẩn: Rửa mũi bằng nước muối sinh lý có thể làm sạch dịch tiết trong khoang mũi, giữ cho khoang mũi luôn sạch sẽ, ngăn ngừa nhiễm trùng niêm mạc mũi. Đối với máy rửa mũi nhựa, có thể dùng nước muối sinh lý để khử trùng, khử trùng. Trong quá trình vệ sinh, điều quan trọng là phải chú ý đến lượng sử dụng và tránh sử dụng quá mức để tránh kích ứng niêm mạc mũi.
Khử trùng bằng cồn: Tháo rời các bộ phận rửa mũi, rửa sạch bằng nước chảy rồi ngâm vào dung dịch cồn 75% để khử trùng. Sau 30 phút, lấy các bộ phận ra khỏi cồn, để ráo nước và đợi cồn bay hơi hoàn toàn trước khi sử dụng. Tuy nhiên, cần lưu ý không nên sử dụng rượu trước khi rượu bay hơi hết vì rượu có thể gây kích ứng niêm mạc mũi.